自叙序卷一总论部痈疽之脉痈疽之源痈疽之别痈疽生死法察形色顺逆法内消内托法虚实症治法经络大略十二经补泻药品针砭灸烙烘照蒸拔等法针砭灸烙卷一论症治次第虚实顺逆标本论治药忌辨症论溃疡论脓血论疮口生肌验膜症变
序一序二序三序四伤寒十六证类方自叙伤寒证六经提纲太阳经提纲太阳经坏病提纲太阳经坏病结胸痞证提纲阳明经提纲阳明经虚证提纲少阳经提纲少阳经坏病提纲少阳经坏病结胸痞证提纲太阴经提纲少阴经提纲厥阴经提纲伤寒十
自叙上卷原病温疫初起传变不常急证急攻表里分传热邪散漫内壅不汗下后脉浮下后脉复沉邪气复聚下后身反热下后脉反数因证数攻病愈结存下格注意逐邪勿拘结粪蓄血发黄邪在胸膈辨明伤寒时疫发斑战汗合论战汗自汗盗汗狂汗发
舌鉴辨正
和序廉序吴序罗序自序卷上决证诗赋观形气及幼攻补戒毁同道为医先去贪嗔辨证早决安危五色主病诊脉明证议金银薄荷胎寒藏寒胎热弄舌舒舌脐风脐突夜啼急惊天钓急惊后如疟慢惊搐证诸风毒破血伤风伤积惊积诸热吐泻伤寒伤风
脉法行经三忌恶阻论胞漏并小产论诸痛论胎逆上逼胀满子悬论诸血症论子肿子气子满论子烦并五心烦热及烦躁口干论子淋论转胞淋闭论子嗽论喘急论泄泻论霍乱论中恶中暑中湿中风论子痫论（一名子冒）痢论疟论伤寒温热时疫论
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
自序再自序合论诸书之得失以示初学之从违（四条）论读医书之难论诊病须知四诊论《景岳全书》论金匮肾气汤论倪涵初先生疟痢三方附录王子圣大归芍汤张洁古芍药汤附论噤口痢论吴又可《温疫论》（四条）论时邪论初诊用药
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科